В конце прошлого века в районе священного для саамов озера были обнаружены остатки древнейшей высокоразвитой цивилизации, которую античные авторы называли гиперборейской (считается, что она погибла в результате глобального катаклизма). Здесь найдены следы древних построек, в том числе обсерватории, остатки гигантских рунических надписей на прибрежных скалах и фортификационных сооружений. Следы некоторых строений дают основания предполагать в них разрушенные пирамиды.
Есть здесь и многочисленные священные камни — сейды, которые часто встречаются на территории Карелии и связаны с культом мёртвых, принятом в традиционных саамских верованиях.
На одной из скал хорошо заметен 70-метровй петроглиф, изображающий великана, прозванного Куйво. Многие люди испытывают необъяснимый страх, приближаясь к нему, а измерительные приборы часто выходят из строя. По саамской легенде этот старик (так переводится "куйво"), был могущественным вождём народа шветов, с которыми враждовали саамы. Только ценой больших усилий Куйво удалось победить и приковать к скале.
Исследователи, пребывающие на озеро, сталкиваются с различными аномальными явлениями — есть упоминания даже о таинственном исчезновении людей.
Есть информация о ряде экспедиций, предпринимавшихся в эти края, с целью раскрыть тайну священного озера. Самой загадочной является экспедиция А. Барченко, состоявшаяся в 20-е годы прошлого века. Он обнаружил пещеру поблизости от Сейдозера, а затем взорвал вход в неё. Почему он так сделал — неизвестно. Ещё ранее в 1887 году в этих местах побывала финская научная группа, которая искала следы затопленного города, о которых сообщали местные шаманы.
Недавно на берегах озера были проведены масштабные исследования с применением новейшей аппаратуры, снаряжения для подводной съёмки и т.д. Такой серьёзный подход позволил сделать ряд открытий. С помощью георадара была вновь обнаружена таинственная пещера Барченко — это обширная полость на глубине около четырёх метров, расположенная под поляной на берегу. Были найдены подводные колодцы, которые предположительно ведут к прибрежной горе Нинчурт. В болотах обнаружились остатки дороги, выложенной геометрически правильными каменными плитами. А на дне озера аквалангисты исследовали загадочное изображение, напоминающее человека-птицу, непонятным образом сформировавшееся из илистых отложений. Участники экспедиции видели непонятных человекообразных существ, напоминавших двух мужчин, женщину и ребёнка.
Путешественники отмечают положительную энергетику Сейдозера — здесь быстро восстанавливаются силы, а на душе воцаряются покой и умиротворение.