Основной загадкой Аракульского Шихана являются идеально круглые каменные чаши, разного диаметра и глубины, выдолбленные в граните на всём протяжении хребта. Самая маленькая чаша составляет всего несколько десятков сантиметров в диаметре и столько же в глубину, самая большая — полтора метра в диаметре и 70 сантиметров в глубину.
Учёные до сих пор не могут дать однозначный ответ на вопрос: "Как они появились и для чего предназначались?" Самой популярной является версия ритуального предназначения этих чаш. Были они ритуальными костровищами, а сам Шихан — Святилищем огнепоклонников — открытым каналом общения с Высшими Силами. Во время главных языческих праздников волхвы в них зажигали огонь и приносили в жертву животных. Эта версия базируется, в том числе и на том, что на дне некоторых чаш археологи обнаружили несколько слоёв золы, а также кусочек глины, сожжённый до керамзита, что указывает на высокие температуры и неоднократность разведения огня.
Предполагается, что каждая чаша имела своё название и предназначение. Любопытно, что в некоторых каменных чашах пробиваются растения, в дождливое время в них собирается вода, причём цвет воды в каждой — разный, а самая большая, полутораметровая, постоянно наполнена водой и не пересыхает даже в самое жаркое лето. И в этом всём тоже видят непостижимый сакральный смысл. Другая версия гласит, что чаши идеальной формы — это следы высокоразвитой инопланетной цивилизации. На скале стоял какой-то инопланетный объект, оставивший после себя идеально ровные следы.
Кроме природных достопримечательностей Аракульский шихан является сосредоточением нескольких культовых археологических памятников. Впервые люди обратили внимание на местные достопримечательности четыре тысячи лет назад, именно этим временным периодом датируются самые ранние находки обнаруженные археологами в здешних окрестностях. Ученые установили, что близ берегов озера некогда располагалось множество стоянок и селищ первых жителей Южного Урала, а на самой горе обустраивались жертвенные святилища. Скорее всего, древние также были поражены нетипичным внешним видом скального останца, что шаманы связали место с обителью языческих богов.